گندزدایی آب به معنی غیرفعال سازی پاتوژن‌ها و سایر موجودات ریز ذره‌بینی است. مهمترین وجه تمایز کیفیت آب استخر با آب شرب، تفاوت در غلظت عامل گندزدا است. مقدار عامل گندزدا، مهمترین عامل تعیین کننده کیفیت آب استخرها است. همچنان که باکتری‌ها، جلبک‌ها و سایر اشکال میکروارگانیسم‌ها و مواد آلی وارد استخر می‌شوند، باید بلافاصله توسط مواد شیمیایی و یا عوامل فیزیکی گندزدا منهدم شوند .

برای نیل به این مهم لازم است تا همواره مقداری ماده گندزدا که از آن به باقی مانده تعبیر می‌شود، با غلظت مشخص در آب استخر  وجود داشته باشد. در مورد آب آشامیدنی، سازمان جهانی بهداشت، کفایت گندزدایی را این گونه تعریف کرده است: در صورتی که معیار میانه‌ی کدورت از یک واحد در مقیاس NTU و در یک نمونه‌ی منفرد از 5 واحد فراتر نرود، به احتمال قریب به یقین (99/99 درصد) آب عاری از آلودگی باکتریایی و ویروسی است، مشروط بر آن که کلر آزاد باقی مانده آب پس از زمان تماس 30 دقیقه در محدوده ی 0.8-0.5 میلی گرم بر لیتر و PH آب کمتر از 8 واحد باشد. در گندزدایی آب استخرها، به عامل‌های دیگری همچون تعداد شناگران و تناوب استفاده از استخر، تناوب تعویض و یا تصفیه آب، شرایط آب و هوایی و نوع میزان آلاینده‌هایی که شناگران با خود به استخر می‌برند، نیز باید توجه داشت. در گندزدایی استخرها، زمان بازچرخانی آب بسیار مهم است. به طور کلی استخرهای شنا از نظر نحوه‌ی جریان آب به شرح زیر طبقه بندی می‌شوند:

– استخرهای با جریان گردشی

– استخرهای پر و خالی شونده

– استخرهای با جریان پیوسته

در استخرهای با جریان گردشی زمان بازچرخانی آب بر حسب ظرفیت استخرها متفاوت و مطابق جدول زیرتعیین شده است .

 زمان تقریبی بازچرخانی آب در استخرهای با جریان گردشی